Bei der Zucht geht es nicht um die Veränderung von Eigenschaften, sondern um das kontrollierte Vermehren einer Spezies. Der Züchter kreuzt also Tiere von denen er denkt, die besten Eigenschaften im Fohlen wiederfinden zu können. In der Zucht hängt der Erfolg jedoch stark vom Glück ab, denn oft kommen Mängel erst nach Generationen wieder zum Vorschein und waren daher unmöglich vorhersehbar. Generell ist sehr viel Fingerspitzengefühl gefragt und man muss abwägen welche Eigenschaften ein Tier auszeichnen sollen. Wenn ein Tier eine Beeinträchtigung oder Mängel aufweist, sollte man es rigoros aus der Zucht nehmen, was oft eine große Überwindung darstellt, da man vor allem Stuten meist teuer gekauft hat.
Neuweltkameliden können das ganze Jahr über eine Schwangerschaft aufnehmen, wobei der Geburtstermin nicht im Winter stattfinden sollte, da das Fohlen ohne menschliche Hilfe erfrieren kann. Aufgrund einer Trächtigkeitsdauer von ungefähr 350 Tagen lässt sich dieser Termin immerhin sehr einfach in Bezug auf die Jahreszeit planen. Zwei Wochen nach der Geburt ist der beste Zeitpunkt, um eine Stute neuerdings zu decken, während und kurz nach der Geburt sollte jedoch kein Hengst anwesend sein. Wenn die Stute bereits trächtig ist, spuckt sie den Hengst unentwegt ab, generell sind weibliche Tiere erst ab 18 Monaten geschlechtsreif.
Eine Geburt erfolgt meist am Vormittag, da das Fohlen bis zum Abend abgetrocknet sein muss und Alpakas ihre Fohlen nicht trockenlecken. Ein gesundes Fohlen kann innerhalb von zwei Stunden bereits laufen und trinkt innerhalb von vier Stunden.
Bei problematischen Geburten kann es erforderlich sein, ein Fohlen mit der Flasche aufzuziehen, um es am Leben halten zu können. Ist dies jedoch über einen längeren Zeitraum erforderlich, so wird sich das Tier zu sehr an den Menschen gewöhnen und ihn als Artgenossen betrachten. Das kann sich in übermäßiger Zutraulichkeit und Aufdringlichkeit zeigen, was zu Anfang meist gern gesehen ist, da sich die sonst eher scheuen Alpakas normalerweise nicht so gerne streicheln lassen. Wir Menschen sind ganz verzückt über dieses Verhalten, es wird aber nicht bedacht in welche Richtung sich so eine Fehlinterpretation entwickeln wird. Ab der Geschlechtsreife werden vor allem Hengste, aber auch Stuten, zu teilweise lebensgefährlichen Rivalen, da sie den Menschen nicht als höhergestelltes Lebewesen jedoch als Konkurrenten oder Sexualpartner sehen. Was als harmloses Spielen begonnen hat, wird zur ernsthaften Gefahr.